A história da Educação por Princípios, tem seu fundamento na prática pedagógica de Jesus Cristo, que por meio de sua vivência gerou princípios de vida espiritual, psicológica, e social, fundamentais para o processo educativo. Porém a Educação por Princípios, em seu aspecto acadêmico, é estruturada a partir do trabalho primoroso de duas educadoras norte americanas - Verna M. Hall e Rosalie Slater - que nos anos 40, iniciaram o resgate da história cristã americana, estudando os documentos oficiais dos fundadores da América do Norte e as cartas das mulheres colonizadoras.
Estas pesquisadoras descobriram uma pedagogia singular utilizada nos primeiros 150 anos da colonização americana: a presença de princípios bíblicos utilizados na educação , reflexos do caráter cristão de seus primeiros governantes. Esta pesquisa trouxe à luz o método bíblico histórico de raciocínio e anotações, chamado Educação por Princípios, pela F.A.C.E. - Fundação para a Educação Cristã Americana, na década de 80.
A Educação por Princípios foi pioneiramente vivenciada no contexto escolar em 1980 nos Estados Unidos na cidade de Plyamouth, em Massachssets, através da iniciativa do Dr. Paul Jehle, Diretor e fundador da escola New Testament Scholl. Em sua experiência pioneira o Dr. Paul Jahle buscou ilucidar os conceitos filosóficos da Educação por Princípios sob a perspectiva bíblica, bem como viajou por vários paises, inclusive o Brasil onde tivemos o privilégio de participar de seus workshops, compartilhando a sua perspectiva da visão e missão de educar por princípios, tornando assim o Dr. Paul Jahle um importante referencial da filosofia da Educação por Princípios.
Outra colaboradora de fundamental importância para a Educação por Princípios e a Dra. Elisabeth Youmans, Diretora e fundadora da Fundação Principia , situada em Orlando na Florida, nos Estados Unidos. A Dra. Elisabeth Youmans tem uma forte influencia sobre a estruturação metodológica da Educação por Princípios, através da qual torna possível aplicar na prática escolar a filosofia da Educação por Princípios.
Na década de 90, a Educação por Princípios chegou ao Brasil, através de José Roberto Rinaldi Junior e Maria Aparecida Mattar, educadores nas capitais São Paulo e Belo Horizonte, que vislumbraram na Educação por Princípios uma proposta norteadora para as escolas onde atuavam. A partir do conhecimento e da paixão pela Educação por Principios, Jose Roberto Rinaldi e Maria Aparecida Mattar fundaram a AECEP - Associação de Escolas Cristãs de Educação Por Princípios, na intenção de reunir escolas que decidissem abraçar a proposta de Educar por Princípios, dando-lhes apoio e promovendo a integração das mesmas. Nesta proposta de troca de experiências entre as escolas que trabalham com a Educação por Princípios a AECEP tem promovido Workshops anuais que visam o aprimoramento desta prática educativa.
Em nossa região, Vale do Paraíba, a Educação Por Princípios chegou através do fundador do Colégio Fonte, o Sr. Vagner CoelhoTinoco, que inicialmente o instalou em Aparecida, São Paulo, em 1997.
A partir de 1998, o Colégio Fonte foi transferido para uma cidade vizinha, Guaratinguetá, à Rua Joaquim Maia, 49, Pedregulho. Atualmente o Colégio Fonte é mantido pela ACEP – Associação Cristã pela Educação por Princípios e a Megabyte Informática e Tecnologia, que empenham-se constantemente pelo aprimoramento da prática educacional, resguardando os fundamentos da Educação por Princípios.